在Tomcat中连接MySQL需要以下步骤：

1. 确保你已经安装了MySQL数据库，并且已经创建了你需要连接的数据库。

2. 下载MySQL的Java连接驱动程序（称为JDBC驱动程序），并将它复制到Tomcat的lib目录下。你可以从MySQL的官方网站下载合适的JDBC驱动程序版本。

3. 打开Tomcat的conf目录下的context.xml文件，此文件用于配置Tomcat的上下文环境。找到如下的配置项：

<Resource name="jdbc/your_database_name" auth="Container" type="javax.sql.DataSource"

username="your_username" password="your_password" driverClassName="com.mysql.jdbc.Driver"

url="jdbc:mysql://localhost:3306/your_database_name?useUnicode=true&amp;characterEncoding=UTF-8"/>

将其中的 `your_database_name` 替换为你实际的数据库名称，`your_username` 和 `your_password` 替换为你实际的MySQL登录用户名和密码。确保URL中的端口号和字符编码也与你的MySQL服务器配置相匹配。

4. 在你的代码中使用JNDI（Java Naming and Directory Interface）来获取数据库连接。示例代码如下：

```java

import javax.naming.InitialContext;

import javax.naming.Context;

import javax.sql.DataSource;

import java.sql.Connection;

import java.sql.Statement;

import java.sql.ResultSet;

// 获取数据库连接

InitialContext initialContext = new InitialContext();

Context context = (Context) initialContext.lookup("java:comp/env");

DataSource dataSource = (DataSource) context.lookup("jdbc/your_database_name");

Connection connection = dataSource.getConnection();

// 执行SQL查询

Statement statement = connection.createStatement();

ResultSet resultSet = statement.executeQuery("SELECT * FROM your_table_name");

// 处理查询结果

while (resultSet.next()) {

// 提取查询结果中的数据

String column1Value = resultSet.getString("column1");

int column2Value = resultSet.getInt("column2");

// 操作数据...

}

// 关闭资源

resultSet.close();

statement.close();

connection.close();

在上述代码中，`your_database_name` 需要替换为你实际的数据库名称。`your_table_name` 需要替换为你要查询的表名。

5. 使用Tomcat启动你的应用程序，你的应用程序将能够连接到MySQL数据库并执行查询。

通过上述步骤，你就可以在Tomcat中连接MySQL数据库并使用JNDI获取数据库连接进行操作了。